逆浸透膜の孔の大きさが0.0001とか0.0003ミクロンとかありますが除去性能が違うのですか？

この様な分子原子レベルの大きさになると熱振動をしていますので、浄水器のフィルターで起こっている水分子の動きを確認する事は出来ません。
これらの大きさの表現は逆浸透膜式の浄水器が水分子のみを通過させる特性から、水分子の大きさに近い数値で表現しているのでしょう。しかし実際には逆浸透膜式の浄水器は塩素イオンなど、水分子より小さな不純物も除去してしまいます。
つまり単純にフィルターの孔の大きさだけでは説明が出来ませんし、実際に水分子が通過する孔は水分子の大きさより、かなり大きいと推測されます。水分子以外の殆どの不純物を９５％以上除去できる浄水器であるのは紛れもない事実ですが、逆浸透膜浄水器の膜分離メカニズムにはいくつかの説があり、それは実際に不純物を除去した結果からの仮説です。
膜分離のメカニズムについては動画を交えてもう少し詳しくご説明していますので、ご興味の有る方は是非ご覧下さい、逆浸透膜浄水器の性能を仕組みでご理解されればお迷いになる事無く逆浸透膜式の浄水器をお選びになれるはずです。

逆浸透膜の分離メカニズムの詳細内容につきましてはこちらを御覧下さい。